Kegiatan pembentukan karakter melalui sistem pola asuh yang dikembangkan meliputi enam tahap pembentukan, meliputi
Orientasi dan Adaptasi, pada tahap ini santri baru dipersiapkan untuk bergabung di lingkungan pesantren agar dapat beradaptasi dengan kehidupan asrama dan lingkungan sekolah serta aturannnya
Tahap Pembiasaan, santri melakukan pembiasaan dengan melaksanaan aturan dan adab-adab yang berlaku dengan rujukan buku Tatib Santri dan Kurikulum Terpadu
Orientasi Pemahaman, pembinaan diarahkan kepada pemantapan dalam memahami aturan, sehingga aturan bukan lagi sebuah kewajiban yang dipaksakan untuk dipatuhi, akan tetapi mematuhi aturan sudah menjadi panggilan jiwa, atau kebutuhan hidup
Tahap Kepedulian, santri dibina dan diarahkan agar senatiasa menaati peraturan dan memiliki sifat peduli kepada sesamanya sehingga dapat mengajak yang lain untuk bersama – sama menaati peraturan.
Kepemimpinan, pembinaan sudah diarahkan kepada bagaimana sebuah aturan menjadi aturan hidup bersama dengan memenej seluruh aktvitas yang ada di lingkungan pesantren, pada fase ini para santri dilatih untuk dapat memimpin dirinya sendiri dan orang lain dalam menjaga kenyamanan di lingkungan pesantren dengan cara belajar berorganisasi dan leadership melalui OSIS dan kegiatan ekstrakurikuler
Persiapan Masa Depan, pada fase ini diadakan kegiatan yang bersifat pembinaan diri seperti praktek ibadah, Muhadarah, Murajaah praktek pembiasaan kedisiplinan, dan kegiatan evaluasi proses pendidikan terpadu 3 tahun melalui kegiatan penilaian yang dilakukan oleh sekolah.